Nació en Milán, Italia, el 15 de noviembre de 1648.
Inició el noviciado en la Compañía de Jesús, en Génova, donde realizó estudios y ejerció el magisterio.
Tenía 27 años cuando recibió, junto a Juan Bautista Zappa, asignación a Nueva España, a donde habían solicitado ir él y su amigo.
En la Ciudad de México, Salvatierra llevó a cabo una intensa actividad religiosa y académica y aprendió náhuatl; fue cambiado a Puebla y luego a la región tarahumara.
[two_first]Como visitador de las misiones de Sinaloa y Sonora tomó el primer contacto con el también jesuita Eusebio Francisco Kino, quien logró contagiarlo de su entusiasmo por la evangelización de los californios, con quienes éste había estado de 1683 a 1685.
El padre Juan María solicitó entonces ser adscrito a California, pero en lugar de ello se le nombró rector del Colegio de Guadalajara. Enseguida se le hizo rector del Colegio de Tepotzotlán, del actual estado de México.
El 6 de febrero de 1697 recibió del virrey la autorización para iniciar, junto con Kino, la cristianización de las Californias, pero a causa de insurrecciones de los pimas éste debió quedarse en la provincia sonorense.
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Salvatierra llegó con algunos acompañantes y provisiones a San Bruno, sitio que había sido de la misión temporal fundada por Kino, pero les disgustó especialmente su falta de agua. Continuaron un poco al sur y llegaron a un sitio más acomodado, y el 25 de octubre de 1697 fue llevada desde el barco la efigie lauretana, con lo cual dio comienzo una tarea extraordinaria de setenta años en que fue sembrada una larga serie de misiones donde hoy se asientan las poblaciones más importantes del sur de la península californiana.
Murió en Guadalajara, Jalisco el 18 de julio de 1717, de camino desde Loreto a la ciudad de México, a donde viajaba para informar sobre las misiones a las autoridades virreinales. Recibió honras fúnebres excepcionales y fue sepultado al pie de la imagen de la virgen de Loreto en la capilla que él mismo construyó durante su rectorado en esa capital neogallega.
