El primer vino californiano se produjo en Baja California Sur. Al establecerse las misiones jesuitas a lo largo de toda la península, se dio inicio la colonización de California como región de lo que fue la Nueva España, y fue la misión jesuita de San Francisco Xavier Viggé-Biaundó el primer sitio en el que se produjo vino, en la ladera oriental de la Sierra de la Giganta, a 32 km de Loreto.
Refiriéndose al inicio de la agricultura en esa misión, narra el padre Miguel del Barco: “En este sitio edificó iglesia y casa para el padre y otras para indios y formalizo pueblo. Allí plantó un parral, y después una viña de que se comenzó a hacer el primer vino en la California…”. Este vino se producía para ser usado en las ceremonias religiosas, dando así paso a una tradición vitivinícola que tiene 300 años de antigüedad. Durante el primer medio siglo de producción de este vino misional, la península se llamaba California, de ahí el nombre de “Vino Misional Californiano”.
La variedad de uva que el padre Ugarte sembró era de origen europeo (Vitis vinífera), conocida como uva Misional o uva Misión, y es la misma que aún se usa para la elaboración del vino en esa región sudcaliforniana. Anteriormente era utilizada para producir vino dulce y brandy. Actualmente, no es considerada como una uva de calidad debido a la falta de balance para producir los vinos que demanda el mercado moderno. A pesar de esto, la tradición de producir vino artesanal en algunos pueblos misionales se ha mantenido viva desde inicio del siglo XVIII.
Tras el cierre de las misiones, los pobladores que tenían viñas en sus huertos continuaron cultivándolas para comercializar tanto el vino como la uva deshidratada (uva pasa), y cada verano se realiza una vendimia.
Los principales productores están en dos pueblos de origen misional que se hallan en la parte central de la geografía estatal: San Miguel de Comondú y La Purísima. Otros pequeños productores están en San José de Comondú, San Isidro, San Javier, San Ignacio, San José de Gracia, y hasta en algunos ranchos de la región.
En los pueblos misionales se producen vinos tintos pálidos y vinos con diversos tonos de ámbar. Los racimos de la uva misional son grandes y sueltos, lo que hace que el racimo pueda madurar por mucho tiempo y que las uvas sean muy resistentes.
Su principal enemigo es la propia fauna de los oasis, además de abejas, avispas, mapaches, entre otros animales. Aun así, no se usan insecticidas en los huertos, lo que permite considerar estos vinos como orgánicos, aunque no se cuente actualmente con la certificación formal.