En sus inicios, esta misión se construyó en el ojo de agua de Biaundó, pero fue abandonada por ataques de indígenas. Después se estableció como catequesis el 10 de marzo de 1699, su primera edificación fue una capilla de adobe y una casa anexa para el párroco residente Francisco María Piccolo.
Sin embargo, en 1701 fue reestablecida en el sitio actual por el padre Juan de Ugarte, quién llegó desde Honduras. Entonces comenzó el cultivo de trigo, maíz, frijol, vid y árboles frutales, además de obra para hacer canales y estanques para almacenar agua.
A 31km de Loreto observarás sencillos contrafuertes que marcan 321 años de antigüedad. El actual edificio misional, se considera “joya de las misiones de la península de Baja California”. Es hecho de piedra, incluye bóvedas y paredes firmes, sacado de las canteras del arroyo de Santo Domingo, supervisado por el misionero jesuita Padre Miguel del Barco en 1744. En su interior conserva un retablo con 150 años de antigüedad de estilo barroco, estípite de madera tallada y dorada dedicado a San Francisco Javier, acompañado de imágenes religiosas traídas de otras partes de México.
Dentro de la iglesia hay arcos con siglas que representan nombres de santos como: María, María de los Dolores, María Rosario, San Ignacio de Loyola – quien fue el fundador de la orden Jesuita – San Pablo, San José, San Antonio y, el santo patrono, San Francisco Javier.
Detrás de la iglesia se encuentra un museo lleno de historia, cultura e identidad loretana. Su exposición consta de reliquias antiguas originales de los misioneros como: copias de registro de bautismo escritas por el padre Juan de Ugarte, túnicas procedentes de China – ya que San Ignacio de Loyola y San Francisco Javier, evangelizaron una parte de Asia – hechas en agradecimiento a su labor en el país asiático. Estas prendas fueron usadas por los misioneros en San Javier.
También resguardan un misal del año 1734 que conserva las letras en latín.
